据台湾《中国时报》报道，李登辉因“巩案”遭特侦组起诉，事实上，这起弊案早在八年前，就由台北地检署侦办，当时检方有意办李，但疑在高层关切下“罢手”，事隔多年，李登辉再因本案被侦办，主要“推手”是当年曾与李情同父子的阿扁，扁拿着前“调查局长”叶盛茂给他的巩案洗钱报告向检方告发，这份关键资料给李登辉“致命一击”。
2003年间，北检侦办巩案，指派曾侦办刘冠军案的检察官薛维平调查，检方将徐炳强、刘冠军、刘泰英列为被告，一度声押刘泰英遭法院驳回，裁定以二千万天价交保。
据知情人士透露，当年，检方计划先起诉徐炳强、刘泰英，再顺藤摸瓜调查李登辉涉案部分，不过，检方起诉书疑在高层压力下，一再遭退回，迫使检方只能切割结案，先起诉徐炳强，最后导致徐炳强无罪定谳。
其实，北检当时指挥调查局侦办时，就把刘泰英、“国安局”巩案的海外资金查清楚，调查局洗钱防制中心还特别制作“巩案洗钱报告”，除交给检方参考外，也上呈“调查局长”叶盛茂。
之后，北检再与“调查局”侦办新瑞都弊案时，也查出了刘泰英与陈国胜、李忠仁等人头进行海外洗钱过程。后来叶盛茂就将“巩案洗钱报告”及新瑞都案的人头海外洗钱案报告陆续交给扁。
扁就将叶盛茂给他的李登辉疑似洗钱报告资料，把陈国胜、李忠仁等五个人头户姓名，抄录在小纸条上，在李登辉生病住院期间，拿着小纸条去探病，扁近似威胁的手段，令李登辉极为不悦，让两人情同父子的情谊破灭。
政党二次轮替后，检方打算再针对刘泰英部分，再度展开调查，一度前往台北监狱讯问当时服刑的刘泰英。
但本案最关键的转折，是2009年间北检侦办叶盛茂洩密案，检方在九十八年九月五日以证人传唤扁说明。扁出庭时携带叶盛茂提供的调查局洗钱防制中心所作“巩案洗钱报告”，当庭向承办检察官郭永发抱怨“检方只查扁案，都不查李登辉洗钱”，还向检方告发李登辉涉嫌海外洗钱五千一百万美元案。北检随即将扁告发李登辉洗钱案移请特侦组侦办。
不久，检察总长黄世铭调派巩案的原承办检察官薛维平到特侦组，接办李登辉的巩案，薛成为三度接办“国安密帐案”及巩案的检察官。但就在案子即将告一段落前，薛却因卷入“国安局长”黑函事件被控洩密，归建北检，李登辉的巩案就交由郭永发起诉。
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