杨念祖（中）涉论文抄袭，昨晚向马英九请辞，就任台湾防务部门负责人才6天。图为6日上午至台湾立法机构参加“军审法”修法协商。（张铠乙摄）
据台湾《中国时报》报道，上任六天即请辞的台湾防务部门负责人杨念祖编的书距今已6年，3年前他当防务部门副负责人时没人提，到任防务部门负责人不到一周就有人爆料，步步进逼，这是台湾军方典型的内斗手法。杨念祖编的书，是由前军情部门二处廖文中上校捉刀，杨念祖与军情部门的互动关系，局外人哪会晓得？
台湾军方内部有人认为，洪仲丘案发生时，高华柱人在海外，杨代理负责人一职，但走的人却是高华柱，杨反是最大获利者；杨上任后，军审移出选择站在民意这块，没有守住军方底线，让军中内部决心出重手。杨是局中人，知道幕后有高人指点“倒杨”，自知小辫子落入人手，难以善了，只能请辞。
台湾军方高层称，杨当防务部门负责人这6天，也只是影子，军方内部还有地下负责人在下指导棋。洪仲丘案之初，军方就开始斗，没人料到这把火竟控制不住，最后烧到防务部门负责人高华柱。
洪仲丘案受到关注的时间是在7月9日。防务部门要求陆军开记者会，但陆军要公布调查报告时，防务部门却又不同意。由于高华柱人在海外，军方是杨念祖与参谋总严明当家。严明没碰过这种军纪大案，支持防务部门，让陆军派个副司令在防务部门开记者会，但说得不清不楚，果然引起社会哗然。
隔日陆军见事态不妙，公布第一波包括542旅旅长沈威志等惩处名单，仍未平息不满。防务部门总督察长夏复华中将向严明建议扩大惩处，只要办到陆军司令李翔宙，外界就会平息。结果严明建议记李翔宙申诫一次，仍未平息民怨。
这段期间，陆军一直想把案情摊开来说，但房务部门就是不同意，认为陆军是事主，自己说未必说得好、说得对，且陆军调查并不周延。
陆军原定16日李翔宙开记者会道歉。但防务部门一听，提前15日晚由刚返台的高华柱亲自开记者会，由总督察部与军高检说明案情。16日，542旅副旅长何江忠被押，全案进入侦办。直到5日，为了旌忠状是谁的主意，防务部门与陆军还在斗。防务部门发新闻稿撇清责任，指旌忠状颁发与马英九和防务部门负责人无关。
台军中恩怨因洪仲丘案台面化，意外把高华柱拉下马，还让文人杨念祖得利，让很多既得利益者很难接受。
之所以斗这么凶，一是洪仲丘案冲击太大，军方乱了方寸，彼此互推责任；二是两严一李的微妙互动(两严，指的是严明与副参谋总长严德发上将，一李则是李翔宙)。李本来是接严明的热门人选，所以严明会防，李到8月任满陆军司令二年，若因洪仲丘案跨台，严德发就可接陆军司令。严德发日前开颈部手术，围着白色护圈，但只要发现媒体在会赶快取下，以免让外界认为他身体不好。
就这样，“二严一李”彼此无信任之下，一面处理洪仲丘案危机，一面互防对方的突袭。最后，“文人部长”杨念祖出线，打乱了军方高层布局。本来是高华柱明年交棒交给军人接任。高华柱意外中箭落马，让军中山头很难接受。杨念祖被军方内部怀疑在关键时刻没有挺高华柱，所以必须斗垮，斗臭。
当然，斗倒杨念祖，也有军系对马英九不满的意味。
