除了民调低迷，洪秀柱与国民党内“换柱”派还有一个分歧更加难以融合。许多外媒都关注到，在两岸政策上，洪秀柱与国民党主流看法并不一致。法国国际广播电台7日称，洪秀柱刚获提名时，就宣布她的“一中同表”两岸政策理念，和国民党的“九二共识，一中各表”不同。前不久洪秀柱再度提到“终极统一”，让国民党众多“立委”候选人更为不满，认为这对他们的选情造成冲击，因为“终极统一”在台湾的政治市场里“没有行情”。
新加坡《联合早报》7日称，今天的国民党更在乎的是“立委”席次，但洪秀柱坚持认为，“国民党的版图缩小、席次减少，都不会亡党，但如果党失去了价值与灵魂，那就会亡党”。报道称，洪秀柱遭逢党内排山倒海压力的根本原因，正是国民党内对两岸关系路线看法分歧。选战初期，她提出的“一中同表”，比马英九的“九二共识，一中各表”更为积极，被党内“独台派”压制得不再提此名词。日前她表示“九二共识”有必要再进化，要与大陆政治对话、找出路，再次触动党内敏感神经。报道称，国民党若不从根本问题——两岸路线辩论着手，确认未来的发展方向与价值，无论“换柱”或“换伦”，问题依然会层出不穷。若处理“换柱”不当，国民党即将大崩盘。
台湾文化大学教授杨泰顺7日对《环球时报》记者表示，国民党其实不是分不分裂的问题，而是已面临“崩盘”的困境。只要蔡英文上台，虽然未必敢直接宣布“台湾独立”，但民进党执政却必然会走上“实质台独”的路线。如果国民党无法继续执政，台湾未来的两岸政策也势必面临重大的调整。
中国社科院台湾研究所研究员王建民7日对《环球时报》表示，岛内执政党的政治理念肯定会影响两岸关系，但由于谁会在选举中获胜以及谁会代表未来的国民党都无法预知，因此对台湾未来的两岸政策还需继续观察。
面对国民党可能面临的激烈内战，台湾《联合晚报》7日称，国民党“抽柱换朱”已箭在弦上，未来双方攻防激烈程度远胜“大选”。“临全会”面临三种可能的结果。最好的结果是国民党与洪秀柱达成共识。但随着双方拉高对抗态势，这种可能正慢慢消失。第二种结果是“换柱”风云变色，“挺柱”派后来居上。但在国民党“总统”、“立委”选举系统合二为一的情况下，“挺柱”挺到底的可能性微乎其微。第三种结果是国民党“换柱”成功，但洪阵营不承认这个结果，甚至采取法律途径对抗。即使法院裁处结果国民党获胜，对国民党而言“也剥了半层皮”。
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