就在南海争端持续升温之际，马英九26日提出“南海和平倡议”。大陆外交部发言人回应说，已注意到台湾方面的有关“倡议”，“两岸中国人有义务共同维护国家领土主权和海洋权益，维护南海地区和平稳定”。
据台湾“中央社”报道，马英九26日上午出席活动时提出“南海和平倡议”，发出五大呼吁，包括各方应避免任何升高紧张情势的单边措施;搁置主权争议，建立南海区域资源开发合作机制，全面规划、分区开发南海资源等，“使南海与东海一样，均成为和平与合作之海”。马英九同时强调，“无论就历史、地理及国际法而言，南沙群岛、西沙群岛、中沙群岛、东沙群岛及其周遭海域是属中华民国固有领土及海域，中华民国享有国际法上的权利，不容置疑。此一坚定立场，从未改变”。他说，台湾持续在南沙群岛最大自然岛太平岛驻有人员，就是“行使主权的明证”。
《自由时报》26日称，“南海和平倡议”是马英九继台海、东海之后所提出的第三个区域和平主张。台“总统府”称，马英九上任后积极推动两岸和解，成功将台湾海峡从世界三大火药库之一转变为“和平与繁荣之海”，其后又针对东海钓鱼岛争议，于2012年8月提出“东海和平倡议”，后来成功与日本签署渔业协定，几次具体的和平实践“充分证明马英九的和平主张绝非‘徒托空言’”。民进党秘书长吴钊燮26日称，台湾对于南海争端不能置身事外，但马提的“东海和平倡议”，使日本疑惑台湾是否要与大陆联合对付日本;若此事无法澄清，“南海和平倡议”同样无法落实。民进党主席蔡英文则称，民进党不会放弃太平岛的主权。
南京大学中国南海研究协同创新中心执行主任朱锋26日在接受《环球时报》采访时说，马英九提“南海和平倡议”主要有两个目的：首先，最近传出蔡英文赴美访问时可能发出信号，未来一旦执政将放弃“南海主权”，也就是“南海断续线”，这对国民党当局冲击很大;二是目前在南海问题上，台湾面临美国压力，因而表达一些妥协意味，提出反对单方面行动，“总的来看，马英九的这个倡议一部分是说给美国听的，一部分是说给民进党听的”。他直言，马英九在南海问题上的位置很尴尬，毕竟“南海断续线”是当年国民政府划的，并称之为“法统”之一，但同时台湾在安全上又得依靠美国，因此“南海和平倡议”玩的其实是“模糊战略”。
中国人民大学教授时殷弘对台媒表示，主张和平处理问题毫无疑问是对的，但“倡议”中的论点与大陆立场颇有差距。如避免采取升高紧张的单边措施，时殷弘认为“这恐怕是暗示中国大陆的扩岛行动”。至于马英九提出“搁置主权争议”，时殷弘说，搁置主权与中国大陆在南海问题的立场无法调和，因为大陆坚持岛礁主权是中国的。
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