“马英九这艘大船加快速度离开港口，留下一片形同灰烬的港口，谁又是即将入港的大船？”“中时电子报”2日提出“后马英九时代”的一个关键问题。
2日，马英九宣布辞职的同时，希望请辞副主席的“副总统”吴敦义、台北市长郝龙斌都“勉为其难”继续留任，吴敦义会后同意留任副主席到新任主席选出为止，郝龙斌也愿意重新思考请辞决定。按国民党党章规定，马英九辞党主席后，必须3个月内召开临时全代会，在这之前，将依副主席顺位代理。“中央社”称，按照这一原则，吴敦义可能担任国民党代理主席。
英国广播公司报道称，选举结束当晚，郝龙斌率先请辞副主席，此举被外界解读为“柔性逼宫”。次日，吴敦义请辞副主席，也被猜与党内权力斗争有关。
实际上，一系列官员闹辞职加剧了外界对国民党的质疑。台湾《中国时报》2日评论说，九合一选战蓝惨败，国民党逼宫声浪四起，短短48小时内，马英九面临“内阁总辞”、政务官打包走人，党机器瞬间解构，弥漫树倒猢狲散的悲观气氛，台面上权力真空，台面下权斗汹涌。党内逼宫声浪排山倒海，使马英九不得不辞党主席止血，但国民党“中常委”邱复生认为，现在国民党的问题不是马英九一人辞党主席就能解决。面对公民社会崛起，整个党的组织、人事、党产等，都要有所改革和因应。愈是一团乱，就愈要有人冷静面对问题，否则“神仙走了，找上帝来也没用!”
“国民党恢复元气要8年”，台湾“前行政院院长”谢长廷2日做出预测。据台湾《联合晚报》报道，谢长廷说，国民党要恢复元气最快要8年后，也可能从此一蹶不振，国民党这次成了负面的代名词，谁拿它的旗子谁倒霉。
台湾“东森新闻”2日援引台湾名嘴黄智贤的分析称，这次选举的结果是歼灭性的，对于一年多以后的“总统”大选，国民党完全可以不用抱持任何希望，“就算派蒋经国来选都会输”，马英九接下来的任期内，不会有任何政绩，只能做个“看守总统”。黄智贤还称，国民党要做好长期在野的准备。
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