“我们向遇难者家属表示真诚和最深切的同情与哀悼。”菲律宾总统府副发言人瓦尔特5月12日下午通过声明再次回应射杀台湾渔民事件。据菲律宾GMA新闻网报道，瓦尔特还表示，菲律宾已经启动对事件的调查，涉及此事的菲巡逻艇指挥官及船员被停职。“菲律宾海岸警卫队以及其他部门向所有人保证，调查将本着公正、透明、迅速有效的原则进行”。台湾“中央社”以“菲总统府声明：驻台代表已道歉”为题称，菲总统府在声明中表示，对事件感到哀伤，菲律宾驻台代表已向家属转达“慰问与道歉”之意。声明还说，相关机构将研究如何避免类似事件再次发生。当天早些时候，瓦尔特在被问及台湾的通牒时表示，“我们已接获通报，称台湾提出数项要求，就目前而言……我们暂不响应，这是就今天而言。”同一天，菲海岸警卫队发言人巴里洛称，“如有需要”，菲海岸警卫队愿进行道歉，但也强调这取决于调查结果。
菲律宾的模糊声明立即遭到台湾的批判。台“总统府”发言人李佳霏批评菲方态度“轻佻”，她还表示，菲“驻台代表”白熙礼两天前确实曾向家属表示道歉，但道歉被菲律宾总统府否认，所以台湾方面才会认为这不是菲律宾政府的正式道歉，因此在昨天的“国安高层会议”中，马英九要求菲律宾必须在72小时之内道歉。台“外交部”12日晚表示，无法接受所谓菲驻台代表已向渔民家属道歉的说法，菲国应立即做出正式道歉。台“外交部长”林永乐说，对方有一点改善，但不能让台湾满意，菲方回应未符合台政府所提4项要求。
在11日晚台“总统府”召开的“国安高层会议”上，马英九对菲律宾提出“4项严正要求”：第一、正式道歉；第二、赔偿损失；第三、尽速彻查事实严惩凶手；第四、尽速启动“台菲渔业协议”谈判。“总统府”明确表示，从5月12日零时起算，72小时内，若未获菲律宾政府的正面响应，台湾当局将采取抗议措施，包括：第一、冻结菲劳的申请；第二、召回台驻菲“代表”；第三、要求菲驻台“代表”返回菲律宾协助妥善处理本案。台湾《自由时报》12日说，党政人士表示，如果菲律宾在72小时之后未正面响应，除了上述抗议措施，台当局还将采取“第二波反制措施”。
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马英九本人也连续做出强硬表态。马英九12日下午抵达小琉球探视遇难渔民洪石成的家属，他允诺，政府绝对不会不了了之，一定要菲方道歉、赔偿。当天上午他在出席一场公开活动时，率领现场上万民众共同为洪石成默哀10秒钟。此前一天，他在参加“海巡署”举办的海安七号演习时表示，菲律宾公务船打死台湾渔民是粗暴且冷血行为，但菲总统府却不道歉，只是表示同情并进行调查，“菲律宾的态度更让我们感到愤慨”、“我们绝对不能接受”，如果菲律宾不办出结果，台湾不排除用任何手段制裁，绝不甘休。
据法新社报道，在发生菲海岸警卫队射杀台湾渔民事件后，台湾于5月12日向与菲律宾有争议的出事海域派出1艘军舰和3艘海巡船，捍卫海域“主权”以及渔业资源。台“海巡署”表示，一旦发现对渔船开枪的菲律宾公务船，绝不退缩，将尽最大努力将这艘公务船带回台湾。
“台湾认为我们不道歉，我们就会损失更多。这就是问题所在，各国都不把我们当回事，因为我们太穷了。是的，我们的经济是在发展，但只要我们还有那么多工人去国外给人家刷马桶、干那些当地人不愿干的活、仅拿那么点工钱，我们就要继续被人颐指气使。”在菲律宾GMA新闻网的跟帖中，一名网友这样评论台湾的通牒。
不过自知理亏的菲律宾媒体这次表现得颇为“冷静”。《马尼拉时报》在题为“伤心与震惊撼动快乐菲台关系”的社论中呼吁菲律宾政府彻查整起事件，勿让人产生掩盖事实之虑。文章呼吁菲律宾与台湾签署渔业合作协议，避免类似事件重演。【环球时报驻台北特约记者 萧师言 环球时报驻菲律宾、泰国特约特派记者 黄栋星 暨佩娟 甄翔】
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