2009年9月16日，日本鸠山政权正式启动。伴随着鸠山的正式执政，尽管鸠山口口声称将“继续维系美日同盟”，但现实中的美日同盟却是磕绊不断，原本稳固的美日同盟频频出现“裂痕”。
从最初鸠山在《纽约时报》发表“追求更对等的美日关系”，到日本外相4日取消访美，到鸠山5日宣称“伊拉克战争是个错误、日本派自卫队参加也是个错误”，再到美国政府将总统奥巴马的访日时间从12日推迟至13日，一系列事态都表明：双方对彼此的不满情绪开始蔓延，美日两国为争夺外交主动权而博弈，预示着美日同盟关系正式迎来“动荡期”。
美日同盟的微妙变动背后，即是日本鸠山新政权外交“标新立异”的体现，也是日本谋求政治大国与军事大国步伐的继续。
美国总统奥巴马首次访问日本的日子从12日推迟至13日。日本媒体称，虽说推迟访日的理由是要出席胡德堡陆军基地枪击案的追悼仪式，但这也象征着在驻日美军整编问题上闹矛盾的日美关系现状。日本媒体认为，奥巴马原来就计划只在日本停留1天多，这一推迟使奥巴马本就不长的访日行程“短而又短”。从现实中的美日关系看，日本对美外交近日频频发出各种“不和谐音符”。
1 基地搬迁分歧大
在奥巴马访日之前，美日始终未能就美军冲绳普天间基地搬迁问题取得一致。
按照美国与自民党政府2006年达成的协议，美军将在2014年前将8000名美士兵从冲绳基地转移至美属领土关岛，冲绳岛的美军基地也将搬离闹市区。但当地民众要求美军从冲绳岛完全撤出。鸠山出任首相后表示，有意让美军基地彻底搬迁出冲绳岛。
对此，美国国务院发言人凯利3日在新闻发布会上警告称，日本打算将美军驻冲绳基地迁出冲绳岛的做法违背双边协议，有损美日同盟关系。对此，鸠山采取了拖延和回避做法，并不急于表态。
对美国来说，冲绳基地的重要性不言而喻；而对鸠山来说，这考验着他的外交决断能力，也考验着美日同盟关系的稳固与否。
2 关系定位有偏差
奥巴马目前面临的外交难题可谓“堆积如山”，包括稳定阿富汗、巴基斯坦局势；撤回驻伊拉克部队；伊朗、朝鲜核问题等。就连亚洲最亲密的同盟——日本也成了“新的棘手问题”。
一直以来，美国都把日本看作其在亚太最稳定的同盟。对奥巴马政府来说，更是迫切需要保持美日同盟的稳定，以帮美国继续参与甚至是主导亚太事务。
但从日本角度来说，过去几年一味“亲美”的做法让日本付出了很大代价：周边国家对日本的不信任感一直未消除，美日同盟割裂了日本和其他国家的地区认同，阻碍了亚洲一体化的发展。
日本民主党上台后，鸠山提出了“脱美入亚”的构想，开始在美日同盟问题上频频发出让美国担忧的言论。在鸠山首次施政演讲中，他特别强调日美关系需要更多的“平等性”。这无疑是在暗示几十年以来美日关系的“不平等”。
如此一来，美国继续“主导”日本的设想与日本争取独立外交的希望，使各自定位出现了偏差，使现实中的美日同盟频现“裂痕”。
3 核密约调查现矛盾
与美军基地搬迁问题同样敏感的是美日之间的核密约调查问题。过去50年里，前自民党政府对于核武器怀有一种矛盾的感情，既想寻求美国的核庇护，也称“极度核厌恶”。9月25日，日本外相冈田克也却派遣了一个15人小组，开始调查美日签署核密约一事，让美国的战略层大为震惊。
鸠山新政府执意调查的目的，是试图弄清自民党执政时期是否存在核密约。据日本媒体披露，美方以前经与日方协商，可派遣携带核武的飞机经过日本领空，派遣携带核武的舰艇停靠日本港口。很显然，这违背了日本1967年提出的“无核”三原则（不拥有、不制造、不运进核武）。前自民党政府一直否认存在密约。此次调查意在与自民党的安全政策划清界限，却也重新翻开了让美国难堪的历史旧账。
4 反恐盟友疏远美国
“布什—小泉时代”是日美同盟关系的“蜜月期”。在一些日本人看来，最亲美的小泉首相自“9·11”后将日美关系带入“有史以来最好的时期”。但依赖美军提供军事保护的结果，是日本在军事上事无大小都得听从美国的指挥。鸠山上台，宣告了前自民政府与美国军事合作“蜜月期”的结束。
在对印度洋美军供油问题上，日本决定明年1月日本海上自卫队撤回军舰，停止为美军提供海上燃油补给保障。在伊拉克议题上，鸠山也发出了不和谐音符：11月4日，他在众议院预算委员会上表示，伊战是一场错误的战争，日本派遣自卫队也是错误。伊战爆发6年来，作为伊战最坚定盟友的日本却发出如此言论，着实让美国深感不安。
