“两马”航线航程约一个半小时,春运期间,执行每天三进三出航班。具体安排如下:“金龙轮”每天9时15分从马尾开航,14时20分从马祖开航;“安麒轮”每天9时30分从马尾开航,13时30分从马祖开航;“闽珠一号”每天14时30分从马尾开航,10时从马祖开航。如农历初一等时间变更航班,福州外办将另行通知。
2001年初开通的“两马”航线为许多台胞来大陆寻根谒祖、探亲访友、旅游观光等创造了便利。2007年,“两马”航线人员往来共计5.3万人次,同比增长15%。