民进党中央宣布李俊毅为台南县长参选人的决定，在党内引起了不同的反应。2日上午，党中央召开记者会，说明民进党台南县长候选人只有一个，其他人如果要用各种理由参选，只会造成党的分裂。

　　针对有人质疑党主席蔡英文是"派系提名"，民进党文宣部主任郑文灿不客气地回应，如果有人硬要把提名过程抹黑成派系操作，是不负责任且不必要的攻讦。郑文灿提醒陈唐山，不能因为不满意提名结果，就要分裂、出走，这不是支持者希望看到的。

　　对于提名李俊毅为台南县长参选人，民进党前主席谢长廷1日下午在自己主持的广播节目里说，他非常肯定党主席蔡英文的做法。

　　民进党前主席 谢长廷：大家都说(蔡英文)不够强硬、要有魄力，蔡英文主席经过中执会决定宣布(提名李俊毅)，她就是要走出自己的路嘛。

　　不过，陈唐山却声称，这项提名违背了民意，会导致民进党分裂，他还说，他一定要参选到底。

　　部分民进党人士也表态支持陈唐山，说如果台南县出现李俊毅、陈唐山两组人马自相残杀，导致最后输给国民党的话，党主席蔡英文要负全部责任。

　　民进党人士 王幸男：(分裂)民进党就绝对会输掉，不是你说要负责任就可以负得起，就像去故宫玩，把翠玉白菜弄掉地上，你说你要负责，你赔得起吗？

　　民进党人士 黄庆林：跟陈水扁切割的人，绝对不会当选。如果台南县失守，蔡主席一定要下台。

　　据报道，民进党内属于陈水扁派系、游锡堃派系以及一些"独"派的人士正在积极串联，试图通过召开全体党员代表大会来推翻对李俊毅的提名。

　　民进党曾经在2008年7月召开党代表大会，授权党主席蔡英文有提名县市长、县市议员及乡镇市长参选人的最后决定权。