16日，马英九宴请国民党籍民意代表，针对最近有挺扁人士，甚至是“司法”人员向扁案法官抗议，马英九表示，他已注意到这一现象，并强调司法不容挑衅，会处理这一乱象。出席宴请的国民党籍民意代表邱毅转述说，马英九表示会请公权力介入保护扁案法官。

　　台湾民意代表邱毅：他觉得这是一个对“司法”非常严重挑战，他觉得非常遗憾，那么他一定会要求公权力去介入，去保护这些庭审法官的安全。

　　台湾法律界也有人力挺陈水扁，台北士林地方法院庭长洪英花，就曾多次投书平面媒体，大肆批评扁案判决严重侵犯审理独立原则，更说判决从一开始就无效。邱毅说马英九也注意到了这些情况。

　　邱毅：有一些法官在媒体上投书，或者公开地去批判，蔡守训的合议庭里面，他的审判的结果，马英九注意到了，他会去注意到这个问题，会去处理这个问题。

　　17日，台湾法务部门负责人王清峰也发表了对这一事件的看法。

　　台湾法务部门负责人王清峰：还是一句话，我们尊重审判，也尊重言论自由，但是呢，这个法官彼此之间是不是公开这样子批判，是不是妥当，我想司法院会有适当处理。