6月21日，台风莲花沿着台湾海峡一路北上，台湾的外岛和本岛部分地区都受到了台风影响。

　　6月21日，台湾气象部门除了把澎湖、金门和马祖都列入了陆上警报范围，台南、兰屿和澎湖都出现了10级阵风，台风的外围环流也造成台湾东南部大雨。随着莲花台风北上，台湾中部的雨量也明显增加，其中台东的降雨量为350毫米，花莲为300毫米。受莲花台风影响，厦门到金门的海上航线在21日全线停航，恢复通航时间要视天气状况而定，据报道，这是厦金航线今年以来首次因为天气因素停航。金门和澎湖21日还停止上班上课，中断全部陆上和海上交通，台湾本岛到外岛的一些空中航班也临时取消。