29日下午2点，台北地方法院第三次开庭，审理陈水扁是否羁押，审判长蔡守训等3名法官组成合议庭进行了审理。

　　审判长蔡守训、受命法官徐千惠、陪审法官吴定亚共同审理。庭讯一开始，陈水扁委任律师郑文龙就提出台北地方法院临时更换法官，不符合审理程序，因此要求3位法官回避，停止开庭。但检察官认为，按规定，必须认定法官有偏颇才要回避，而且就算有偏颇，也不需要立刻停止诉讼程序。因此，庭讯正常进行。

　　另外由于陈水扁委任律师之一的郑胜助在开庭10分钟仍未到庭，法官裁定休息十分钟，而郑胜助在迟到41分钟后现身。

　　庭上，在律师发言之后，陈水扁开始滔滔不绝地为自己辩护，对四大弊案一一作出陈述。他宣称自己是无罪的，从来没有收过红包。他还批评检方的起诉书有多处矛盾，并称"起诉书对我而言是人格谋杀"。而检方则反驳这次开庭主要是讨论要不要羁押，而不是讨论具体案情。

　　此次开庭从下午2点开始到下午6点多，庭讯还没有结束。由于此次是台北地方法院第三次审理陈水扁是否羁押，所以引发岛内高度关注。台湾各大媒体派员进行现场直播报道。有一些陈水扁支持者到场挺扁，也有一些民众因为想要闹场而被警方强行带离。台湾警政部门出动了数百名警察到台北地方法院维持治安。