尽管民进党、台联党及“独派”本土社团意见分歧，但因“大绿”、“小绿”反对马当局“倾中”目标一致，两党整合后推出了彼此可以接受的“ECFA公投连署案”版本并将提交民进党中常会讨论通过。相较于民进党与台联党的化解歧见，民进党内部的“中国路线”之争却暗潮汹涌。
台湾《联合报》9日社论指出，陈菊登陆，形同民进党务实改革派已与基本教义派公然摊牌；“独派”岂会不知大船正在转弯，却佯装浑然未觉，一语不发。原因是“独派”本居少数，若是撕破脸，只会自暴其弱、自暴其短，因而在这个关键时刻，连色厉内荏都做不到，遂是一片噤声不语。
绿营内部此次务实改革派与基本教义派的斗争不同以往：一、过去许信良及施明德或林义雄与民进党的斗争，皆尚只是在理念或风格的层次；但蔡英文却让陈菊一脚踏进北京、上海，已是具体行动。二、过去几场斗争，皆以许信良、施明德或林义雄被逐出或自动退出民进党收场，但此次蔡英文不会轻言认输退场，当然“独派”也不会与民进党切割退出。所以，这才是一场真正的“内斗”；关起门来无人退场，暗中蓄势互比气长。
社论因此认为，陈菊登陆，从外观看，似乎打开了民进党与台湾主流社会及与大陆的机会之窗；但从民进党内部来看，却像是在屋里打开了潘多拉魔盒，再将门窗紧闭。民进党经2008年的惨败，必须“去扁化独”；这应是蔡英文的自我期许，也是民进党的唯一生路。从目前的效应来看，民进党权力核心对陈菊登陆的大船转弯汽笛声似乎相当接受；因此，蔡英文并未如当初许信良、施明德那般陷于孤立之中。但是对“独派”及陈水扁来说，这汽笛声却不啻是政治丧钟。
衡情论理，这是民进党切割分裂的时机。但是，“独派”驱逐不了蔡英文，蔡英文也赶不走“独派”。从正面看，民进党仍然“团结”（这也是陈水扁的期望）；但从负面看，这却是必将“内伤”深重的“内斗”，继续“分而不裂”。
在这样的“分而不裂”情况下，民进党与台联党近日在“两岸经济合作架构协议（ECFA）公投连署案”方面化解歧见达成了基本共识，但另一方面，民进党内部的“中国路线”之争却暗潮汹涌。
香港中评社9日分析指出，民进党扁系中常委高志鹏已声言要在中常会提案进行“中国政策”辩论，并展开合纵连横寻求支持。最为尴尬的莫过于同属正义连线的台南市长许添财，罗文嘉等人力劝许添财勿在此敏感时机登陆，但许添财始终对是否取消访问厦门未松口。陈水扁系的人马一方面要求民进党内同志不要掉入大陆的“统战陷井”，却无法劝说或约束自己的派系成员。
文章指出，民进党人士对“党公职访问中国注意事项”看法歧异已经到了一人一把号的地步，每个人都很坚持，但是否上纲到“中国政策”与路线的分歧则有待商榷；整体而言，民进党的内部争议比党际（台联党）更难沟通，说明民进党家里的经真不是普通人所能念的。
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