“欢迎日本以严肃、认真的态度向世界说明琉球问题。”针对安倍的表态，《人民日报》文章作者之一中国社科院中国边疆史地研究中心研究员李国强说。他10日在接受《环球时报》记者采访时表示，文章触及琉球的目的一是论证钓鱼岛不属于琉球，二是说明琉球在历史上也不是日本的。这就驳斥了所谓钓鱼岛是日本固有领土的说法。日本政府反应过度，是因为它当然不希望别人触及它侵略、吞并琉球的历史，就像它在许多问题上否认历史一样，安倍现在连“侵略”一词都要辩解。李国强说，琉球问题可以再议也可以不议，但不议不等于否认历史，不议日本就必须改变在钓鱼岛问题上咄咄逼人的姿态。
冲绳与日本之间的微妙关系也是日本反应激烈的原因之一。据共同社报道，冲绳县知事仲井真弘多10日在记者会上对中国媒体刊登论文质疑日本对冲绳的主权一事表示不快，称“缺乏见识至极”。日本新闻网称，仲井真弘多被认为是中国人的后裔，他表示在这一问题上百分之百赞成内阁官房长官菅义伟的意见。
但《冲绳时报》10日在报道中称，虽然日本政府向中国进行了抗议，但是日本“用武力吞并冲绳强制合并”的历史却是事实。冲绳当地的反应也很复杂，考古学家安里嗣淳给自己起了个中国名字“孙中路”，并将其印在自己的名片上。他说：“琉球的士族都有中国名字，是要保留曾经和中国、日本两国和平相处的冲绳的历史文化。”
《产经新闻》报道称，冲绳的归属问题正在成为日中对立的新火种。《人民日报》刊登这样的论文可能是意识到了冲绳出现了“琉球独立”的主张。围绕日美军事基地搬迁问题，冲绳的部分居民中间出现了主张冲绳独立的倾向。
日前赴冲绳采访期间，《环球时报》记者就注意到，有冲绳当地人将冲绳以外地区的日本人称为“本土人”，并认为“本土人”总是用牺牲冲绳保护自身利益，“本土的政府”常常无视冲绳人的意愿，代替冲绳人做出某种决断。日台渔业协定的缔结就是一个最好的例证。倡导琉球独立的早稻田大学教授稻福惠子表示，“因为岛屿防卫造成的军事化，琉球有被错误的国家战略当成牺牲品的危险性。要想从根本上解决基地问题，完全独立才是最有效的方法。”
