美海军“圣安东尼奥”两栖船坞登陆舰这些年非常吸引人的眼球，这种用来支援海军陆战队攻击作战的战舰，外形美观流畅，具备雷达隐身能力。但美观流畅的外表无法掩盖其内部问题，这些问题使海军和建造商亨廷顿-英格尔斯工业公司饱受其苦，希望尽快结束。
该级舰从一开始就存在设计缺陷。2010年7月，美海军官员在国会山的听证会上表示，“绿湾（Green Bay）”（LPD20）号两栖船坞运输舰已经发现了发动机污染的问题。2012年3月初，海军发布一份报告称，该级舰首舰“圣安东尼奥”号也存在类似问题。2011年7月6日，“圣安东尼奥”号正在进行新部署周前的准备工作，舰员们进行例行系统检查时发现，该舰的发动机存在空气和燃油泄漏的问题，而这个问题海军已经进行过修理。海军在这份报告中首先做了自我检讨，并对当时的承包商诺思罗普 格鲁曼公司提出了批评。
最近几个月里美海军官员反复强调军种内出现的诸多问题，“圣安东尼奥”级两栖船坞运输舰似乎已经成为这些问题的集中体现和典型案例。海军官员认为，整个海军舰队因为舰船建造和维修缺乏监督，出现系统性问题，海军为此付出巨大代价。
今年1月，美国海军水面协会（Surface Navy Association）在弗吉尼亚州阿灵顿举行年度研讨会。美海军舰队部队司令部司令约翰 C 哈维（John C. Harvey）上将在会上指出，过去两年中海军舰队的装备准备水平出现了很多需要引起高度警觉的信号。
他说：“我们需要重建海军舰队训练、装备、使用和维护的基础，并将这些基础通过特定的军官纳入到指挥链条中去，这项工作贯穿我的整个职业生涯，是必须要重复做的事。”
华盛顿战略和预算评估中心的高级分析师简 范 托尔表示，“圣安东尼奥”级两栖船坞登陆舰主要的问题是，海军为什么会在没有准备好的情况下接收该级舰。
他说：“每一级舰船的首舰多多少少都会存在一些问题。但是什么原因导致‘圣安东尼奥’级两栖船坞登陆舰与众不同——大量的舰船存在问题呢？ ”
范 托尔表示他已经注意到，随着每舰船的建造，问题呈逐步减少的趋势，这表明亨廷顿-英格尔斯工业公司和海军已经吸取了前面的教训。他表示，大部队舰船项目在建造到第5艘的时候教训和困难也应该排除的差不多了。 然而为什么“圣安东尼奥”级两栖船坞登陆舰还有问题，这就需要从舰队范围内系统性上找原因了。
范 托尔表示海军已经理解了问题的关键。他说：“很显然，海军过去十年一直在关注这个问题。从适当监督的角度来看，一些方面是出现了系统性的错误。海军在舰船完全准备好之前就接收了。这个时候舰船本身的问题还没有排除。人们很难了解接收的时候舰队排除问题到底到了哪一步。但很显然人们知道存在问题。”
尽管“圣安东尼奥”级两栖船坞运输项目进度数次推延、费用增长，且设计问题频出，但亨廷顿-英格尔斯工业公司坚信最终能做好该级舰。该公司副总裁兼“圣安东尼奥”级两栖船坞登陆舰项目主管道格 劳恩斯伯里（Doug Lounsberry）指出，该级舰出现的许多问题和其革命性的设计有关。
