马英九上台后，采取各种方法和举措，治理陈水扁执政时给台军留下的“以武谋独”后遗症──消除种种危机和不良倾向。香港《大公报》今日刊发评论员文章指出，马英九的些许举措皆收效甚微，台军迄今仍然丑闻满天飞。
文章摘录如下，
据岛内媒体报道，近期台军再传丑闻：某干训班学员进行户外操课时，有两名身穿迷彩服的干部军人当众脱裤互相猥亵，并喝令在旁的另一名学员跪下帮他“口交”，时间长达一、二十秒，情节下流不堪。军人当众表演不堪入目的“活春宫”，在场40余名军人纷纷起哄鼓噪“看热闹”，无人制止，实属奇闻丑闻！事后不少“立委”看到此影像，愤怒痛批：“整个军纪荡然无存，道德丧尽，对台军信心完全崩溃”。台湾防务主管部门负责人陈肇敏最近才对此丑事表达“震怒”，透过新闻稿向民众致歉。
马英九上台后，在坚持“九二共识”的基础上，主张维持“不统、不独、不武”台海现状，加强台军建设，提升战力，以便在与大陆谈判时占据有利地位，从而采取各种方法和举措，治理陈水扁执政时给台军留下的“以武谋独”后遗症──消除种种危机和不良倾向。但收效甚微，台军迄今仍然丑闻满天飞。主要有以下几个方面：
少将溜班擅离职守
一、台军纪律涣散事件不断发生，军纪涣散匪夷所思。
台军纪律涣散事件层出不穷，防不胜防：少将溜班，士兵喝得烂醉。4月22日凌晨，“参谋总长”林镇夷赴海军司令部突检，在最敏感的海军战情中心，竟发现担任高勤官的海军司令部人事军务处长戴正庆少将，居然不在高勤室值班，擅离职守。
“参谋总长”林镇夷在当天还发现海军司令部士官在营区喝得烂醉，弹药库械弹清点也无军官在场。林镇夷4月21日深夜突检台北大直海军司令部，先进入海军仪队队部，发现两名士官趴在桌上睡觉，桌下堆了十多个啤酒瓶。林想叫醒他们，两人连动也不动。
连队战士执勤站岗时，不但抽烟，还把钢盔当保龄球往宿舍地上乱丢。该战士还发牢骚说，“这种地方叫人站岗，是要把人累死”。有士兵趁休假时，相约到旅社抽大麻，搞“轰趴”，还有人在留守期间开小差。有的已婚男女军官长期在营房同居过夜，形同夫妻。
