5月15日，在拖过马英九设定的72小时最后期限后，菲律宾驻台代表白熙礼先部分回应台湾要求，随后菲总统府发布声明称，总统阿基诺三世指派个人代表赴台道歉。不过这既没有满足台湾道歉、惩凶、赔偿、渔业谈判4项要求，白熙礼的道歉还被台湾媒体批为“态度轻佻”。
在延时40分钟后，菲律宾总统府发言人陈显达15日下午出现在马拉坎南宫的临时记者会现场，在此他宣读了菲总统府的官方声明。声明说，“总统阿基诺三世已指示马尼拉经济文化办事处主席佩雷斯为其个人代表，就不幸与无意造成的生命损失，转达他和菲律宾人民对洪石成家属及台湾人民的遗憾与道歉之意”。
这是台湾当局设定的72小时时限过后，菲律宾的第二次“道歉”。据台湾“中央社”报道，15日凌晨1时，在5个小时马拉松式的密谈之后，台湾“外交部长”林永乐与菲驻台代表白熙礼共同召开了记者会。白熙礼从菲带回的回应称，菲律宾对此次事件表达深切遗憾与道歉，承诺启动共同调查，计划与台湾就签署渔业协议展开会谈，但对罹难者家属赔偿以及是否经官方授权不尽明确。
这次会面成为全岛关心的最大新闻，台湾所有电视台从14日晚6时起直播到15日凌晨2时，规模前所未有，报纸也等消息出来后才开动印刷机，但结果却令台湾媒体感到不满和愤怒。台湾东森新闻用“轻佻”形容菲律宾的道歉态度，称不但在记者会上未闻白熙礼亲自说一声道歉，菲律宾原先更准备用一封信就打发台湾。这封信虽经过多次修改，但最终仍措辞模糊。台湾“今日新闻”痛批马英九悍然发出所谓72小时通牒令，换来的是自取其辱，“已经从水母变蜇皮”。
15日凌晨，台湾“外交部长”林永乐曾用“正面回应，态度尚可”评论菲方声明。但清晨，台当局态度近乎180度大转弯。台“总统府”发言人李佳霏称，马英九15日上午7时召开“国安”高层会议，对菲方“授权不够、诚意不够、反复不定”表示强烈不满，并宣布立即采取冻结菲劳工申请、召回台驻菲代表及要求菲驻台代表离台等3项制裁措施。马英九还再次为菲设下最后期限，称如果15日下午6时前无法满足台方提出的道歉、惩凶、赔偿、渔业谈判4项要求，将采取第二波制裁。
英国广播公司报道称，台湾大约有8.8万菲律宾劳工，其中大多数人在制造业工作。台“劳工局”每个月都会收到来自菲律宾的约3000份工作申请。美国《基督教科学箴言报》评论说，制裁对于菲律宾来说是个坏消息，菲劳工经常把工资寄回家，2011年海外劳工汇款约占菲国内生产总值的9%。
“正是在制裁决定做出之后，阿基诺三世表示由个人代表转达道歉的”，《菲律宾星报》称，陈显达在记者会上说，希望台湾当局重新考虑制裁决定，呼吁不要将菲律宾人民卷入这一事件。菲总统府声明称，对罹难者家属和台湾人民的悲痛“感同身受”， 菲国家调查局已将此案列为最优先处理案件，展开“彻底、深入、公正及迅速”的调查。菲律宾人民募集了一笔钱将赠予洪石成家属以示慰问，佩雷斯16日将前往探望。
15日傍晚6时，当《环球时报》记者打电话给洪石成女儿洪慈綪时，她还没有看到阿基诺三世道歉的新闻。她急切地要求记者把内容念给她听。当听到声明中“无意造成的生命损失”一句时，洪慈綪的情绪明显有些激动。她表示根本没办法认同这样的字眼，“他们是有意射杀，菲律宾长期对台湾渔民这样，用这样的字眼是在推脱”。她直言，菲律宾的表态没有讲明具体时间和做法，比如调查多久，怎么惩凶，怎么跟洪家交代等等。在对菲律宾提出的要求中，洪慈綪表示最看重的还是公开道歉，“菲律宾方面必须满足这一点”，因为如果做不到这点，就表示菲律宾根本不承认自己有错。洪慈綪对记者说，在菲律宾公开道歉之前，是不会见菲方代表的。琉球区渔会总干事蔡宝兴15日也对《环球时报》记者说，不认为菲律宾是真的在道歉。【环球时报驻泰、菲特派特约记者 于景浩 黄栋星 环球时报驻台北特约记者 萧师言 环球时报记者 吴薇 郑小军 葛元芬】
