此次国务院机构改革，重点是围绕转变职能和理顺职责关系，稳步推进大部门制改革，实行铁路政企分开，整合加强卫生和计划生育、食品药品、新闻出版和广播电影电视、海洋、能源管理机构。改革后，国务院正部级机构减少4个，组成部门降至25个。
改革开放以来，包括这次在内，国务院共进行了七轮机构改革。应该说，每一轮改革后，我们对政府性质和职能的认识都深化了一层。尽管如此，国务院部门在职能定位、机构设置、职责分工、运行机制等方面还存在不少问题，包括职能越位、缺位问题依然突出，不该管的管得过多，一些该管的又没有管好；职责交叉、权责脱节、争权诿责现象依然较多，行政效能不够高；机构设置不够合理，一些领域机构重叠、人浮于事问题依然存在；对行政权力的制约监督机制不完善，不作为乱作为、以权谋私、贪污腐败等现象尚未得到根本性遏制。这些问题，需要通过深化体制改革、完善制度机制特别是职能转变加以解决。
从整个方案来看，本次机构改革和职能转换相对以往有三个明显特点：一是深入推进政企分开、政事分开、政社分开，加快完善社会主义市场经济体制，从体制机制上加强社会建设，保障和改善民生。二是把职能转变放在更加突出位置，强调以更大力度，在更广范围、更深层次上加快国务院机构职能转变，重在向市场、社会放权，减少对微观事务的干预，同时改善和加强宏观管理，严格事后监管，努力做到不该管的不管不干预，该管的切实管住管好。三是坚持积极稳妥、循序渐进、成熟先行，注重改革的连续性、系统性和前瞻性。抓住重点问题，既巩固以往改革成果，又着力破解重大难题。对条件成熟、形成共识的就先推进，对条件尚不成熟、还需要研究探索的，在进一步创造条件、累积共识后，适时加以推进。
在上述三点中，尤其需要指出的是第二点，此次机构改革是同职能转变紧密结合、同步推进的，许多问题通过职能转变来解决，比单纯的机构调整更有意义。对于职能转变，我们不能狭隘理解，以为职能转变就是政府管得越少越好，政府机构越少越好。职能转变的应有含义是，政府要管自己该管的，如果政府管了不该管的，就应把这个职能转移出去，而把自己该做的事情做好。在这个基础上，再看这个职能应由哪个部门来行使更好，这是职能转换的第二层含义。由此来看，一个政府该设多少机构部门，应与它承担的责任相联系，固然不是越多越好，但也不是越少越好，而是合适才好。
此次改革严格遵循了职能转变这一逻辑，推进职能的转移、下放、整合和加强。职能转移要解决的是政府与市场、政府与社会的关系问题；职能下放要解决的是国务院部门管得过多过细问题；职能整合要解决的是职责交叉、推诿扯皮问题；职能加强要解决的是国务院部门抓大事管宏观不够问题。
当然，要做好政府职能转变，理论上需要厘清政府和市场，政府和社会的权力和责任边界。只有边界清楚了，政府该管什么不该管什么也就自然清晰，从而避免政府越界干预。现在政府权责不清、管理混乱，除了政府权力受到的约束不足外，很大程度上是没有厘清政府权责边界之故。
国务院机构改革是一个过程，改革的方向是努力构建既符合我国国情又顺应时代潮流的体制。而此次方案中关于国务院机构宏观管理角色的定位、行政管理体制的基础制度建设、对政府依法行政的制度安排，有助于中国政府走向真正意义上的现代政府。在今后的机构改革中，应进一步着眼于市场化趋向，加快完善社会主义市场经济体制，做到政府有所为有所不为；着眼于推动社会全面进步和人的全面发展，完善保障和改善民生，促进公平正义的制度安排；着眼于建设民主政治和法治国家，从体制上为公众更加广泛、更加充分地参与决策和管理来创造有利条件。
尘埃落定后，接下来就看如何去落实了。只有不折不扣地贯彻方案的原则和精神，机构改革和职能转变才算最终完成。
