深水泊位建设滞后，航道通航标准偏低，投融资体制亟待完善。这是《东莞市水运发展规划》（以下简称《规划》）中对东莞目前水运存在问题的评价。为促进水运发展，《规划》提出在2010年前，完成建设航道111公里，港口泊位41个。到2020年还将建设航道140公里，泊位68个，总投资达182.7亿元。
航道：将可通行10万吨级巨轮《规划》提出，到2010年重点建设5条骨干航道：狮子洋深水航道，东江北干流、麻涌水道、倒运海水道等三条河口区航道，以及东江北干流（公铁两用桥-石龙头）。
据悉，狮子洋骨干航道是广州港出海航道的一部分。2000年，广州港出海航道一期工程竣工，能满足3.5万吨级海轮乘潮进港。二期工程全长115公里，能满足5万吨级船舶单向乘潮通航要求，狮子洋到伶仃洋东莞段航道即包含其中，将在近期完工。“十一五”期间将投资40亿元建设出海航道三期工程，南沙港区至珠江口桂山岛锚地60公里将能满足10万吨级船舶双向通航。
作为《规划》中唯一一条出海航道，狮子洋深水航道建设里程53公里，建成后将满足10万吨级船舶通航标准。其余4条骨干航道通行标准为1000到10000吨级。
工程完工后东莞将初步形成“一纵三横五河口”布局的高等级航道，初步实现东莞市航运由单一内河运输向适应江海运输的跨越。
港口：实现“一心三层五区”布局《规划》提出，未来东莞港口布局为“一个核心、三个层次、五个港区”。即以狮子洋深水作业区为核心，深水、中型、小型三个泊位层次，麻涌、沙田、沙角、长安和内河港区。
根据《规划》，2010年，狮子洋深水作业区主要承担东莞市国际物流和省际物流运输，泊位规模以万吨级以上大型深水泊位为主。其新沙南、立沙岛、西大坦3个作业区分别承担散粮、散杂货危险品和集装箱货类装卸，泊位均为5万吨级。到2010年，狮子洋沿岸大型深水泊位为核心的港口体系基本完成，三个作业区将初具规模，新增大型集装箱泊位5个、油气化工品泊位8个、散粮散杂货泊位4个，基本形成集装箱、油气化工品、大宗散杂货沿海运输系统，开创东莞市沿海近洋运输新局面。
五大河口作业区主要承担东莞市省际物流、港澳物流运输并兼有部分近洋运输，泊位规模以1000吨-5000吨级以上中型泊位为主，最大泊位3万吨。内河港区则主要承担省内物流运输，即东莞市与珠江三角洲和珠江水系各城市之间的内河区间运输并兼有部分港澳运输，泊位规模为1000吨级以下的内河船泊位，纵深均为200到500米。
