2009年，福州马尾－马祖的“两马”海上客运航线客流、船舶来往的增幅再创历史新高，客流量逼近10万人次，这也是福建沿海地区对台“小三通”各条航线中客流增幅较大的航线。

　　据福州海关最新统计数据显示，福州海关所属的马尾海关全年共监管“两马”航线进出境人员99243人次，其中进境人员47710人次，出境人员51533人次，分别比上年同期增长30．46％、28．81％、32．03％，这是“两马”直航2001年初开航以来全年进出人数最多的年份。

　　“两马”航线船舶往来比上年同期增长2．4％，马尾海关共监管进出境船舶1452艘次。

　　据统计，截至2009年底，厦门－金门、马尾－马祖、泉州－金门等福建沿海对台“小三通”各条海上客运航线客运总量突破500万人次。