忧的是：随着两岸经贸关系进入深化期和外界经济形势的变化，不少问题也逐步浮现。
两岸的贸易额增速放缓。今年前8月两岸贸易额连续下滑，直到9月起才恢复增长；两岸的贸易增速也低于大陆总体的贸易增速。
台商对大陆投资下降。据台湾方面统计，今年前十月，台商对大陆投资金额同比下降22.7%，投资项目同比下降22.1%。
两岸经贸关系仍存在不平等。王建民认为，“台湾向大陆要得比较多，对大陆给得比较少”，两岸经贸关系尚处于不平等状态。大陆商务部部长陈德铭在中共十八大期间表示，“大陆和台湾作为世贸组织成员，希望台湾的一些基本的最惠待遇要给大陆”。
由于台湾当局对“陆资”的开放很少，朱磊认为，影响了更多“陆资”入岛，台湾也失去助经济脱困的机会。他认为，“歧视性的政策是未来台湾需要面对的问题”。王建民也认为，大陆方面只要基本待遇，要求并不高。
两岸产业合作上总体比较缓慢，两岸企业间开始直接竞争。朱磊认为，尽管两岸现今有众多的平台，但依旧缺乏有效的合作模式，具体的合作还有待加强。王建民认为，随着大陆企业竞争力的增强，在一些领域两岸企业会从过去的垂直分工合作逐步走向直接竞争。
总括2012年，两岸的经贸关系已入深水区，朱磊认为今年两岸经贸关系，稳中求进也有进；王建民则认为喜忧并存。
