据台湾《中国时报》报道，马英九指示加速进行ECFA协商，他进一步表示，全世界两个贸易体(两岸)如果贸易额已经达到了一千三百亿美元的时候，怎么可能双方之间没有一个很完整的贸易机制？ECFA这类的贸易协定利大于弊，这是非要不可的，否则对台湾很不利。 

　　马英九重申，台湾与大陆要签订的经济合作架构协议，是纯粹经济性的协议，不触及任何政治问题。

　　台当局“经济部国贸局长”黄志鹏表示，签定ECFA以后，优惠待遇将遍及两岸所有地区，届时两岸就没有经济特区的概念。两岸全面开放后，不会担心台商不回台投资，即使台商觉得大陆好，希望留在大陆，“政府”也会尊重。

　　黄志鹏说，台湾位居东亚中心，邻近大陆，若不拿下这块大陆市场，“老天都会笑我”。

　　马英九表示，原来大陆与其它地区签自由贸易协定还不是很多，但现在大陆跟东盟也签了，马上就要在明年一月一日生效，台湾的石化、机械、汽车零件、纺织等产业，将受到很大的影响，因此如果没有一个处理的话，可能会造成这些产业离开台湾，造成台湾进一步的失业。

　　至于弱势产业，马英九指出，还有几种作法，可在WTO架构下，列入敏感项目，或利用关税配额、其它进口救济、特别保障等等，这些方法在国际间也都非常久了，像这些方法，可以帮助台湾一些产业，包括毛巾业、陶瓷业度过困难。

　　针对ECFA对电子信息业的负面冲击，黄志鹏说，两岸都是信息科技协定(ITA)的成员，绝大部分产品都已免税，ECFA签定后的冲击必然很小。