1－3月
1月1日，陈水扁在元旦讲话中称，台湾未来将以“积极管理、有效开放”代替“积极开放、有效管理”作为未来两岸经贸政策的新思维。被普遍认为是台当局将要紧缩两岸经贸交流的前奏曲。
1月14日，中共中央总书记、国家主席胡锦涛考察厦门台商投资区并接见当地台商，强调加强两岸合作，造福两岸同胞，表示两岸民间行业组织应尽快坐下来商谈直接通航，两岸农业合作潜力巨大，应加大两岸合作力度。
1月20日，两岸春节包机首飞，开放所有持有效证件、往返两岸的台湾居民，并增加了厦门航点。到2月7日结束，往返班次从上年的48次增加到72次，共运送台胞287397人次，远高于上年的10472人次，平均载客率在八成以上。
1月20日，厦门市工商局正式公布《台湾居民在厦门市申办个体工商户登记的若干意见》，继港澳居民之后，开放台湾居民在厦门申办个体工商居民。符合条件的台湾居民无须经过外资主管部门的审批，可以在厦门经营零售业（不包括烟草零售）、餐饮业、居民服务和其他服务业中的理发及美容保健服务、洗浴服务、家用电器修理及其他日用品修理。经营的组成形式仅限于个人经营，不得委托经营，也不包括特许经营。
2月6日，台“经济部长”黄营杉在大陆台商春节联谊活动时称，将引导台商“全力开发”印度市场，以改善台商海外投资过度集中在大陆的现象。
3月10日，台“经济部长”黄营杉称，将降低台商对大陆投资比重，以降低10个百分点为目标。该部投资业务处说明，是要以加强对全球投资布局，来相对减低对大陆投资的依赖。
3月16日，公安部宣布，台湾与港澳民众，可以有条件申领大陆身份证。17日，台“陆委会”称，依台“两岸人民关系条例”，台湾民众在大陆设籍或持用大陆护照者，将丧失台湾地区人民身分及相关权利，并由户政机关注销台湾地区户籍。
3月17日，陈水扁再次声称其“积极管理、有效开放”的大陆经贸政策，是要“提醒台商投资大陆应注意政治风险”。
3月17日，台“经济部贸易调查委员会”决议称对大陆进口毛巾采行进口救济（特别防卫措施）及反倾销调查的产业损害成立，大陆进口毛巾对台相关产业已造成“市场扰乱及实质损害”。4月14日更决定对大陆进口毛巾由从价课征10.5%的关税2调整为从量课征,第1年每公斤课征42元，第2年32元，第3年20元。5月29日台“财政部”宣布，自6月1日起，对大陆出口毛巾到台湾的9家公司，课征4个月临时反倾销税，税率最高达248.2%。
3月22日，台“行政院”院会通过“陆委会”、“交通部”等部门拟定的“积极管理、有效开放”配套机制，从人员、农业、经济及金融等四个方面制定了更严密的限制措施。
3月28日，台“经济部”研拟对投资大陆1亿美元以上的申请案将实施“政策面审查”，以在“简易审查”、“专案审查”之上建立第三级审查制度。
4－6月
4月14、15日，国共经贸论坛在北京举行。国台办主任陈云林受权宣布包括扩大台湾水果检验检疫进口品种扩大为22种；11种蔬菜及部分水产品进口零关税等15项对台优惠政策措施。
4月16日，国家旅游局、公安部和国务院台办联合发布《大陆居民赴台湾地区旅游管理办法》。
4月17日，台“经济部投审会”称台湾民众在大陆设立个体工商户属投资行为，应向其申报或申请许可，并订定相关受理原则。
4月20日，台“行政院长”苏贞昌称，“两岸经贸论支共识只要对台有利，不必因人废言，可以全盘考虑推动”。
4月24日，商务部宣布，自5月1日起对天然砂实施进出口的管理措施。但稍后宣布暂缓实施。此举对岛内砂石业产生了极大冲击，台“经济部”采取措施，防止商人借机囤积哄抬价格。
4月28日，台“经济部”宣布有条件开放低阶半导体封装测试、4英寸以下面板中段制程赴大陆投资。
5月1日，台“行政院长”苏贞昌宣布实施扩大“小三通”的三项措施，包括即日起开放金马旅台乡亲、配偶、直系血亲及二亲等内旁系血亲及其未成年子女，可经由金马进行两岸“自由行，不必组团”；6月1日起开放金门与泉州的往来航线；为应付“小三通”扩大带来的变化，9月以前实施两岸首次的联合救难演习。
5月15日，台“中央银行”修正“金门及马祖金融机构办理人民币现钞买卖业务要点”，增设办理据点；简化结汇手续与文件；同时将金融机构办理业务明确限定在办理人民币与新台币现钞间的买卖业务。
5月19日，台“经济部投审会”有条件通过统宝公司到大陆投资从事小尺寸面板后段制造。
5月24日，商务部公告对包括台湾等地区进口的氨纶（弹性纤维）原料课征临时反倾销税5.09%。
5月26日，台“经济部投审会”新增“台湾创投公司赴大陆投资审查原则”，开放台湾创投业者申请赴大陆投资一般类项目。
6月8日，金门和泉州间小三通客运航线首航，成为两岸间第三条“小三通”航线。其单程票价，金门购票为新台币720元，泉州购票为人民币180元。
6月13日－22日，台“财政部”官员赴大陆实地调查大陆毛巾倾销案，这是两岸入世（WTO）后，台首度派有关官员到大陆调查倾销案。
6月14日，两岸同步宣布已达成实施四项专案包机的方案，包括专案货运包机、客运包机节日化、紧急医疗包机及特定人道包机事宜。
6月15日，大陆供销总社正式向台湾省农会采购200公吨香蕉，并于6月下旬全数运抵大陆。这是两岸第一次大型集体采购案。
7－9月
7月7日，中共中央台湾工作办公室主任陈云林会见中国国民党政策会执行长曾永权率领的中国国民党促进两岸金融交流、观光访问团一行，表示将正在进一步努力推动大陆商业银行发放专项贷款，支持大陆中小台资企业、台资农业企业的发展。
7月7日，台“交通部”公布两岸客货运专案包机6项申请作业程序，即日起生效。其中专案货运包机由两岸航空业者载运台商货物并采个案审核方式；节日客运包机开放两岸航空业者在春节、清明节、端午节及中秋节申请飞航；紧急医疗及人道包机则可由两岸航空业者申请包机运送紧急医疗需要的人员及医疗器材，急难救助及残障（疾）人士及其他经双方同意的特殊情况，均可专案申请。
7月19日，两岸专案货运包机首航。华航包机载运台积电公司的货物，于当晚经香港飞抵上海浦东机场，20日清晨6时返抵桃园机场，成为第一架往来两岸的货机。
7月10日，国台办与华夏银行签订“支持台资企业发展合作协议”，华夏银行承诺未来五年提供台商总计人民币200亿元的融资额度。
7月12日，商务部公布2005年中外企业出口排名前200大，共有37家台资信息电子企业入榜，其中鸿富锦精密工业（深圳）蝉联第一。
7月17日，台商旺旺集团投资的湖南旺旺医院与台湾敏盛医疗体系签署医疗合作备忘录，标志着台湾医疗业登陆的重要一步。
7月19日，台“中华航空公司”载运台积电公司芯片设备绕经香港飞航情报区飞抵上海浦东机场，这是两岸货运包机首航。
8月2日，台“行政院长”苏贞昌称，7月召开的“经续会”未达成共识，台当局“目前不会改变”台商赴大陆投资以净值40%为上限的政策。
8月27日，“台湾海峡两岸观光旅游协会”（简称“台旅会”）成立，由台“交通部观光局长”许文圣担任董事长，作为有关开放大陆民众赴台旅游的两岸协商对口单位。
8月29日，台“经济部贸委会”就大陆进口毛巾做成最后认定产业损害成立。
8月31日，台湾区电机电子公会公布“2006年中国大陆地区投资环境与风险调查”报导，苏州工业区名列年度台商推荐度、城市综合实力、投资环境等指标第一名。
9月14日，两岸紧急医疗包机首航，由国际SOS北京救援中心的金鹿航空（DER-902）专机运送一位到大陆旅游探亲，中途猝发脑溢血的病患于傍晚6时18分由广州飞抵台湾。
9月18日，中央台办与国民党台商服务中心举行第二次保护台商合法权益工作会谈，就进一步加强保护两岸同胞合法权益工作，落实“双向合作、平等保护”精神，达成了包括台商投资保护、台商税赋、台湾民众往来大陆便捷化、劳工保险、两岸共同打击犯击犯罪、专利商标事务合作等方面的十项共同意见，确定每年举行一到两次工作会谈。
9月29日，两岸中秋节包机首航，至10月13日共飞行24架次，航点为大陆的北京、上海、广州与厦门，台湾则为桃园与高雄。
10－12月
10月17日，由国台办与国民党智库共同举办的两岸农业合作论坛在海南博鳌国际会议中心召开，政协主席贾庆林发表演讲。论坛达成加速并扩大两岸农业交流与合作等“七项共同建议”，大陆推出二十项深化两岸农业合作的新措施。
10月19日，工商总局发出通知，要求各地工商部门制止和查处假冒台湾水果行为，明确规范水果经营者不得将经营的台湾品种水果简称为台湾水果，应区分为“台湾产地水果”和“台湾品种水果”。凡是销售非原产于台湾的水果，均须在包装物和价格标签上注明产地，保护消费者知情权。销售假冒台湾水果者，将依“产品质量法”处罚。
10月25日，台“经济部投审会”核准由多位深圳台商合资成立的“爱群医院”登陆，这是首例大陆台商协会成员集体出资成立的医院。
11月1日，台“金管会”发函岛内证券业者，禁止券商对投资人推荐大陆公司在香港发行的有价证券。
11月8日，台“内政部”修订办法，开放大陆人民担任跨国企业之负责人、经理人赴台工作，随行来台的大陆人民子女准用“境外优秀科学技术人才子女来台就学办法”相关规定在台就学。
11月10日，台“行政院长”苏贞昌称，只有在两岸签署相关协议，建立金融监理制度后，台当局才可能开放台资银行业投资大陆。
12月1日，台资企业、大陆最大的糖果制造公司徐福记国际集团在新加坡挂牌上市。
12月25日，台“中央银行总裁”彭淮南称，台当局已经开放旅客携带人民币入台，现在是开放人民币兑换的最好时机。
12月27日，台“经济部投审会”通过力晶半导体公司、茂德科技公司申请赴大陆投资8英寸芯片厂案。
12月29日，台“行政院”宣布开放台商赴大陆投资八英寸芯片厂制程技术由0.25微米升级为0.18微米。台“行政院长”苏贞昌称，希望此举能使台商“将机器汰旧换新，根留台湾，赚全世界的钱”。
