1月
1日，台当局开放港澳居民可以直接在网络上申请入台证，只要是在港澳出生的居民，均可以上网申办有效期为三个月的入台证，申办费用为200元新台币。可以出入台湾2次，每次14天。
2日，国台办发言人就2005年台商春节包机发表谈话，提出“共同参与、多点开放、直接对飞、双向载客”四项处理原则。3日，民航总局台港澳事务办公室主任浦照洲也呼吁“使真正意义上的春节直航包机能够飞起来”。
15日，在台湾方面由“交通部民航局长”张国政等人以“顾问”名义加入的情况下，两岸航空业界在澳门就2005年两岸春节包机事宜达成共识。由两岸各六家航空公司依国际惯例飞行，分别在台北、高雄、北京、上海及广州等五机场起降，总计往返各24班次。
29日，根据两岸达成的春节期间台商包机协议，两岸民航飞机首次完成分隔56年来的首次对飞。第一班是上午7时46分自北京飞台北的中国国际航空公司包机，而首班合法降落台湾的大陆民航客机则是由广州飞台北的南方航空公司包机。至2月20日春节包机顺利执行完毕。
2月
15日下午到16日上午，台湾检调部门先后大规模搜查了台湾半导体产业龙头企业联华电子公司及其副董事长宣明智住所等处。大陆著名的台资半导体企业和舰科技公司董事长徐建华在即将返回大陆工作之际，遭到拘提与侦讯，最后被勒令以1000万元新台币巨款交保，限制出境。台司法机关指责联电高层以技术等协助和舰公司成立与发展，是触犯了所谓“图利罪”。17日，联电集团董事长曹兴诚在岛内各大报纸刊登广告，承担其中的决策责任。此一被岛内外媒体称为“联电和舰案”的风暴，直到该年底仍处在所谓的“侦办”中。
18日，台“陆委会副主委”邱太三称，当局的“两岸货运便捷化政策”不排除从原先“单向、间接、有限度”调整为“多向、多点、不中停”。
25日，国台办在新闻发布会上表示，欢迎台湾农业界的朋友来大陆发展，愿意为台湾农民提供创业空间，也愿意就进一步加强两岸农业合作和扩大台湾农产品在大陆销售问题与台湾有关方面及人士进行沟通，达成共识。
3月
4日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛在看望出席全国政协十届三次会议的委员时，发表重要讲话，提出新形势下发展两岸关系的四点意见：坚持一个中国原则决不动摇；争取和平统一的努力决不放弃；贯彻寄希望于台湾人民的方针决不改变；反对“台独”分裂活动决不妥协。“只要是对台湾同胞有利的事情，只要是对促进两岸交流有利的事情，只要是对维护台海地区和平有利的事情，只要是对祖国和平统一有利的事情，我们都会尽最大努力去做，并且一定努力做好。这是我们对广大台湾同胞的庄严承诺。”
14日，十届全国人大三次会议以2896票赞成、0票反对、2票弃权通过《反分裂国家法》，强调“鼓励和推动两岸经济交流与合作，直接通邮通航通商，密切两岸经济关系，互利互惠”，以维护台湾海峡地区和平稳定，发展两岸关系。
14日，温家宝总理在记者招待会上表示，要尽快将海峡两岸的客运包机由“节日化”转向常态化；要采取措施，解决台湾特别是台湾中南部地区农产品到大陆的销售问题；要尽快恢复和解决大陆渔工到台湾劳务合作的问题。并指出，“我们还准备出台一系列有利于台湾同胞的优惠政策和方便措施”。
16日，台“经济部”修正“在大陆地区从事投资或技术合作服务业经营项目”，将证券业由“禁止大陆投资类”改列“一般类”，正式开放岛内证券商赴大陆地区进行业务投资、设立子公司或分公司。
25日，与岛内“独派”关系深厚的奇美实业创办人许文龙发表公开信，称“两岸同属一个中国”，承认“台湾的经济发展离不开大陆，搞‘台独’只会把台湾引向战争，把人民拖向灾难”。
28日，由副主席江丙坤率国民党大陆参观访问团赴大陆。这是国民党自1949年以来，首次正式组团前往大陆。30日在与中共中央台办会谈中，双方就加强两岸经贸等领域交流与合作取得了12项共识。
4月
5日，陈水扁邀集岛内“府院党”主管开会，提出所谓的“七点结论”，扬言要“秉持‘和解不退缩，坚定不对立’的原则”，对两岸经贸政策“不能一味开放，而忽略了最根本最重要的‘有效管理’，‘国安’及行政部门应即检讨调整相关经贸政策”。随即台有关部门宣布了全面冻结实施两岸经贸开放政策。
10日，台湾区电机电子工业同业公会组织的台湾参展团经金门直航厦门参加第九届“海峡两岸机械电子商品交易会暨厦门对台出口商品交易会”（简称“台交会”）。这是台湾第一个经金门直航大陆的经贸代表团。
13日，在国台办新闻发布会上，发言人李维一指出，台湾当局最近提出所谓“七点结论”，对两岸经贸和文教交流予以限制，这种“开倒车”的做法违背台湾同胞的切身利益，是没有出路的。
13日，台“行政院院会”通过“敏感科学技术保护法草案”。该法案原名“科技保护法”，是台当局专门针对两岸经贸交流所制定的限制法令，明定敏感科技范围，并规定敏感技术未经许可而输出者，将处7年以下有期徒刑，并科罚金由原订的1000万元，提高为3000万元。
26日，国民党主席连战赴大陆进行“和平之旅”，强调此行主题是“对话和解”。29日下午中共中央总书记胡锦涛与连战举行正式会谈，并发表“会谈新闻公报”，提出两党将共同促进两岸经济全面交流，建立两岸经济合作机制，促进两岸展开全面的经济合作，建立密切的经贸合作关系，包括全面、直接、双向“三通”；解决台湾农产品在大陆的销售问题；促进恢复两岸协商后优先讨论两岸共同市场问题。
5月
3日，国台办主任陈云林在上海代表大陆方面宣布将推动送给台湾包括一对熊猫、开放大陆居民赴台旅游及扩大开放台湾水果进口等三项措施，被岛内外舆论形容为是送给岛内民众的“三项大礼”。
5日，亲民党主席宋楚瑜赴大陆进行“搭桥之旅”。12日下午中共中央总书记胡锦涛与宋楚瑜举行正式会谈，并发表“会谈公报”，强调两岸应共同努力，加强两岸经贸交流，促进建立稳定的两岸经贸合作机制，包括积极推动两岸通航；实现两岸直接贸易和直接通汇；促进两岸恢复协商后，就建立两岸贸易便利和自由化（两岸自由贸易区）等长期、稳定的相关机制问题进行磋商；大陆方面提供通关、检验、检疫便利和部分零关税等优惠待遇，以协助解决台湾水果丰收季节之滞销问题等。
20日，国家旅游局就开放大陆居民赴台湾旅游举行记者会，表达大陆愿意根据台湾的接待能力及有关条件，考虑开放赴台观光的大陆旅客数量，并提出开放的三项原则：此事为两岸中国人的事；大陆将有计划、有步骤、循序渐进地组织大陆居民赴台旅游；大陆旅游业界将与台湾旅游业界及相关人士合作推动。
23日，大陆宣布台湾准入的水果品种扩大到18种。
6月
1日，大陆宣布对15种台湾水果实施进口零关税，包括凤梨、释迦、木瓜、杨桃、芒果、芭乐、莲雾、槟榔、柚、枣、椰子、枇杷、梅、桃和柿子。
1日，福建公安厅实施直航口岸电脑网络签证，开放台胞证1年多次签。台商和金马澎等地民众，只要持有五年期台胞证者，本人有1年进出5次以上的记录，就可以办理1年多次签证，在1年的有效期内自由进出大陆直航口岸。
13日，台“行政院长”谢长廷在海基会举办的“2005年大陆台商协会端午节座谈联谊活动”晚宴上称，当局将分别委托台北市航空运输同业公会协商两岸货运包机事宜、由“外贸协会”负责商谈农产品输销大陆、以及另组谈判团队协调大陆人士来台观光。
14日，劳动和社会保障部公布“台湾香港澳门居民在内地就业管理规定”，自10月1日起，放宽台港澳民众取得大陆就业证的条件，并开放无就业经验者，可申请进入大陆就业市场。“就业证”申请手续也由年检制改为备案制，许可权下放到地（市）级劳动保障部门。同时，由台湾母公司派遣到大陆1年内工作满3个月以上的台湾干部，必须申请就业证，并按照“社会保险费征缴暂行条例”，参加养老退休、失业和基本医疗等社会保险。
15日，公安部出入境管理局副局长李长友在国台办新闻发布会上表示，自7月起正式实施入出境、居留手续二合一的简化措施。对于在大陆居留一年以上的台湾民众，如果获签1至5年的有效居留签注，将可凭该签注在大陆居留和入出境，不必再加办入出境签注。而一年内需多次往返大陆的台湾民众，办理入出境签注后，就不须再办居留签注。
24日，台“经济部投审会”对外称，台湾地区投资人投资第三地区公司而对其经营具有支配影响力的情形下，如该第三地区公司对大陆有投资行为，则此投资案件仍属以间接方式在大陆从事投资，须事先向该机关申报或申请许可。而所谓“具支配影响力”的认定标准有：持股达5%以上或为该第三地区公司最高持股者、对第三地区公司投资金额达20万美元以上、担任第三地区公司董监事或总经理等。
7月
5日，第一届“海峡两岸信息产业技术标准论坛”在北京召开，会中两岸代表达成三点共识：台湾“华聚基金会”与大陆中国信息标准化协会、电子工业标准化协会，作为未来两岸沟通的总窗口，共同建立技术交流的平台；双方同意就无线通信、记忆卡等四大领域制定共同标准；未来双方将选择其他科技领域，进一步推动共同标准，并在适当时机在台湾举行科技论坛。
26日，陈水扁就两岸经贸交流议题称，台湾“若做不好‘有效管理’，宁愿不再继续开放西进”。
28日，台“金管会银行局”表示，大陆专业人士及商务人士如在台停留期间6个月以上，可选择一家岛内银行开设新台币存款账户，并限在该行申办信用卡。而核给的信用卡总额度，以申请人在台平均月所得为限，附卡则限于随着来台的配偶，持卡人信用卡不得附加预借现金及循环信用功能。
30日，第一个在大陆长期展销台湾水果的窗口——台湾水果展销专柜在北京成立。
8月
1日，大陆正式实施15种台湾水果进口零关税措施。岛内相关业者认为，此举可让台湾水果的成本降低三成左右。
24日，国台办交流局局长戴肖峰与教育部、财政部、国家发改委有关负责人共同宣布，2005年秋季开始，正式实施在大陆读书台湾学生与大陆学生同等收费政策。同时设立台湾学生奖（助）学金，总额每年700万元人民币。对招收台湾学生的大陆普通高校和科研院所给予专项补助，标准为每名台生每年8000元人民币。
24日，台“国际贸易局”邀请岛内相关机关及产业公会进行审查会，通过开放手机等25项大陆物品进口。
30日，台海基会台商服务中心正式成立，开始运作，提供大陆台商经营、法律、财务、生活、子女教育等专业投资经营咨询与服务。
9月
3日，大陆民航局在台当局拒不对等开放的情况下，批准台湾的中华、长荣、立荣、华信等4家航空公司飞机飞越大陆领空。这4家台湾公司由台往返欧洲和东南亚航班，都可飞越大陆领空，由于航程缩短，每年共可节省燃油成本达2.8亿新台币。5日凌晨，台“中华航空公司”飞欧洲的货运班机率先飞越大陆领空，成为首架开放飞越大陆领空的台湾民航机。
7日，祖国大陆由国台办主任陈云林出面，与国家开发银行行长陈元签署“关于支持台湾同胞投资企业发展开发性金融合作协议”，将由后者向台商提供专案贷款，首期为时5年，额度为300亿元人民币，以解决大陆台商在内地融资的困难，该项贷款将优先提供给从事基础建设、高新技术产业的台资企业。
15日，以“促进两岸经济交流与合作”为主题的第一届两岸民间菁英论坛在上海开幕，此是胡锦涛与宋楚瑜5月初会谈的重要成果之一。论坛议题包括大陆发展战略对台商投资的影响；两岸农业交流合作的问题等四项。亲民党主席宋楚瑜在会中就发展两岸关系提出在“桥不可断，势不可弱，门不能关，心不能乱”前提下，“没有迟疑与退却的理由”的“新四不一没有”。
19日，台“经济部投审会”称，将对未经许可赴大陆地区从事投资案件，若属禁止类者，“经查核属实”，检举奖金由原订100万元提高到最高200万元；若属一般类案，检举奖金也从30万元提高到最高60万元。而未经许可从事一般类项目投资超过新台币5000万元者，罚金增加一倍；从事禁止类项目投资者，罚金亦加重一倍。
10月
3日，台当局开放金门、马祖金融机构试办人民币兑换业务。旅客或随交通工具服务的人员，携带人民币入出境的限额也由人民币6000元调高为20000元。
25日，公安部出入境管理局正式授权上海市、江苏省公安机关出入境管理部门，为台湾居民补发、换发5年期台胞证。在此前，5年期台胞证仅能由港澳两地被委托的办证单位和福州、厦门公安局出入境管理处办理。
28日，国家旅游局长邵琪伟率大陆所有省、市、自治区旅游局的主管计66人赴台考察旅游环境与设施10天，被岛内视为是开放大陆民众赴台旅游的前奏曲。邵琪伟由台湾观光协会具名邀请，以“中国旅游协会会长”的身份赴台。
11月
14日，岛内知名家电企业声宝集团前董事长陈盛沺在岛内两大报纸上刊登大幅广告，就所属的瑞智精密企业因投资大陆比例超过当局规定比例而遭台司法机关搜索，造成巨额经济损失一事，强烈质疑台当局所实施的对台商投资大陆设限的规定是“恶法”，指出这是要“台商裹着小脚与世界各地的竞争者赛跑，实在是台商心中的最痛”。呼吁早日还台商以公道。
18日，两岸授权的民航组织敲定2006年春节包机相关事宜，国台办与台“陆委会”同步发布了“2006年春节包机方案”。23日，台“交通部民航局”邀请岛内6家航空公司就两岸春节包机事宜进行协商，并初步达成共识。
30日，陈水扁在宜兰县为岛内县市长选举站台时称，国民党方面表示如果选举结果民进党大败，国民党大赢，民进党会大幅调整、松绑两岸政策，“这是不可能的事情”。他扬言，如果结果是民进党选得不好，泛蓝大赢，当局的两岸政策只会更加紧缩，不会更加松绑，也不会更加开放。
12月
3日，岛内举行“三合一”地方选举，民进党遭到重大失败。县市长部分，国民党籍候选人当选14席，民进党仅获得6席，另外亲民党、新党、无党籍各当选1席。嗣后，陈水扁即一再宣称要对两岸经贸交流进行“降温”。
21日，国家开发银行和国务院台办共同公布《台资企业国家开发银行贷款暂行办法》，据此将向大陆台商提供300亿元人民币开发性贷款。贷款对象包括台商在大陆注册的合作经营企业、合资经营企业、独资经营企业，含大型企业和中小企业，而经国务院批准的台商投资区和经国务院有关部门批准的海峡两岸农业合作试验区、海峡两岸科技工业园区基础设施建设项目也都可申请贷款。贷款项目涉及农业、能源、交通、电子、原材料等领域；按期限分为中长期和短期，币种含人民币和外币。
