自上世纪八十年代两岸民间开始交往以来，两岸司法互助从无到有，从个案合作走向规范化制度化建设，合作范围逐步扩大，合作机制不断发展，合作成效不断显现。两岸司法互助已经成为两岸关系和平发展的重要组成部分，也为巩固和深化两岸关系和平发展提供了法制保障。1990年9月10日，两岸红十字会组织在金门达成《海峡两岸红十字会组织在金门商谈达成有关海上遣返协议》(简称《金门协议》)，开启了两岸司法互助的进程。2009年4月26日，大陆海协会和台湾海基会在南京签署《两岸共同打击犯罪与司法互助协议》(简称《司法互助协议》)，是两岸司法互助承前启后的里程碑，标志着两岸司法互助进入了新的历史阶段。20多年来，两岸在司法互助领域取得了巨大成绩，未来也面临诸多挑战。
两岸刑事司法互助
1987年，台湾当局开放大陆老兵回祖国探亲，开启了两岸民间往来的大门。随着两岸交往的密切，两岸间非法入境及其他刑事犯罪案件也随之增多。发生在1990年的“闽平渔5504号事件”和“闽平渔5202号事件”凸显了在缺乏两岸合作的情况下，台方野蛮遣返非法偷渡人员造成的人道灾难，客观上促进了两岸的合作接触。1990年9月10日，两岸红十字会组织在金门达成《金门协议》，开通了两岸双向遣返渠道，也结束了此前两岸对重大罪犯的遣返只能通过国际刑警组织及外国分部实施个案合作的历史。
据有关部门统计，自《金门协议》签署以来至2009年初，两岸实施双向遣返作业212批，双向遣返38936人。含大陆接回偷渡人员3.85万人，向台方遣返非法入境和刑事嫌犯366人，包括走私、贩毒、洗钱、诈骗等多种刑事嫌犯、罪犯。其中，2007年1月大陆遣返台湾重大通缉犯陈益华、黄玉兰等两个电信诈骗团伙要犯，引起很大反响。
