根据大陆“海峡两岸关系协会”与台湾“海峡交流基金会”4月26日签署的《海峡两岸空运补充协议》以及民航局6月30日下发的《关于海峡两岸航空运输大陆航空公司航线航班分配情况的通告》，南航计划自8月31日起开通广州、深圳、上海浦东、郑州、桂林、武汉、长沙、海口、贵阳、哈尔滨、沈阳、大连、厦门至台北桃园13条定期航线，届时南航飞往台北的定期航班将达到每周27班，具体班期及时刻如下（2009年夏秋季执行计划）：
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序号 |
航班号 |
航线 |
起降时刻 |
班期 |
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1 |
CZ3097/8 |
广州台北广州 |
广州1130 1330台北桃园1430 1630广州 |
每日 |
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2 |
CZ3087/8 |
深圳台北深圳 |
深圳1130 1310台北桃园1410 1600深圳 |
周46 |
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3 |
CZ3095/6 |
上海台北上海 |
上海浦东1230 1400台北桃园1505 1640上海浦东 |
周13567 |
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4 |
CZ3023/4 |
郑州台北郑州 |
郑州0900 1130台北桃园1230 1510郑州 |
周5 |
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5 |
CZ3019/20 |
桂林台北桂林 |
桂林1450 1650台北桃园1750 2005桂林 |
周1 |
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6 |
CZ3015/6 |
武汉台北武汉 |
武汉1410 1630台北桃园1730 1950武汉 |
周25 |
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7 |
CZ3017/8 |
长沙台北长沙 |
长沙1215 1435台北桃园1535 1745长沙 |
周15 |
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8 |
CZ3025/6 |
海口台北海口 |
海口1500 1700台北桃园1800 2000海口 |
周3 |
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9 |
CZ3021/2 |
贵阳台北贵阳 |
贵阳0800 1030台北桃园1130 1355贵阳 |
周1 |
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10 |
CZ3009/10 |
哈尔滨台北哈尔滨 |
哈尔滨0900 1300台北桃园1400 1750哈尔滨 |
周2 |
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11 |
CZ3011/12 |
沈阳台北沈阳 |
沈阳1400 1740台北桃园1840 2220沈阳 |
周14 |
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12 |
CZ3013/4 |
大连台北大连 |
大连1200 1520台北桃园1610 1910大连 |
周3 |
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13 |
CZ3039/40 |
厦门台北厦门 |
厦门1000 1130台北桃园1230 1400厦门 |
周6 | |
上述航线中飞行时间最长的为沈阳台北航线，单程飞行时间3小时40分，飞行时间最短的为上海台北航线和厦门台北航线，单程飞行时间分别为1小时30分钟。
