为实现海峡两岸海上客货直接运输，促进经贸交流，便利人民往来，海峡两岸关系协会与财团法人海峡交流基金会就两岸海运直航事宜，经平等协商，达成协议如下：
一、经营资格
双方同意两岸资本并在两岸登记的船舶，经许可得从事两岸间客货直接运输。
二、直航港口
双方同意依市场需求等因素，相互开放主要对外开放港口。
三、船舶识别
双方同意两岸登记船舶自进入对方港口至出港期间，船舶悬挂公司旗，船艉及主桅暂不挂旗。
四、港口服务
双方同意在两岸货物、旅客通关入境等口岸管理方面提供便利。
五、运力安排
双方按照平等参与、有序竞争原则，根据市场需求，合理安排运力。
六、税收互免
双方同意对航运公司参与两岸船舶运输在对方取得的运输收入，相互免征营业税及所得税。
七、海难救助
双方积极推动海上搜救、打捞机构的合作，建立搜救联系合作机制，共同保障海上航行和人身、财产、环境安全。发生海难事故，双方应及时通报，并按照就近、就便原则及时实施救助。
八、辅助事项
双方在船舶通信导航、证照查验、船舶检验、船员服务、航海保障、污染防治及海事纠纷调处等方面，依航运惯例、有关规范处理，并加强合作。
九、互设机构
双方航运公司可在对方设立办事机构及营业性机构，开展相关业务。
十、联系主体
（一）本协议议定事项，由海峡两岸航运交流协会与台湾海峡两岸航运协会联系实施。必要时，经双方同意得指定其他单位进行联系。
（二）本协议其他相关事宜，由海峡两岸关系协会与财团法人海峡交流基金会联系。
十一、协议履行及变更
（一）双方应遵守协议。协议附件与本协议具有同等效力。
（二）协议变更，应经双方协商同意，并以书面方式确认。
十二、争议解决
因适用本协议所生争议，双方应尽速协商解决。
十三、未尽事宜
本协议如有未尽事宜，双方得以适当方式另行商定。
十四、签署生效
本协议自双方签署之日起四十日内生效。
本协议于十一月四日签署，一式四份，双方各执两份。
附件：海峡两岸直航船舶、港口安排
海峡两岸关系协会 财团法人海峡交流基金会
会长 陈云林 董事长 江丙坤
附件：海峡两岸直航船舶、港口安排
依据本协议第一条、第二条，议定具体安排如下：
一、两岸资本并在香港登记的船舶比照直航船舶从事两岸间海上直接运输，在进出两岸港口期间，其船舶识别方式比照《港台海运商谈纪要》有关香港船舶的规定。
二、目前已经从事两岸试点直航（境外航运中心）运输、两岸三地集装箱（货柜）班轮运输、砂石运输的两岸资本权宜船，经特别许可，可按照本协议有关船舶识别等规定，从事两岸间海上直接运输。
三、双方现阶段相互开放下列港口：
大陆方面为六十三个港口，包括：丹东、大连、营口、唐山、锦州、秦皇岛、天津、黄骅、威海、烟台、龙口、岚山、日照、青岛、连云港、大丰、上海、宁波、舟山、台州、嘉兴、温州、福州、松下、宁德、泉州、肖厝、秀屿、漳州、厦门、汕头、潮州、惠州、蛇口、盐田、赤湾、妈湾、虎门、广州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、钦州、海口、三亚、洋浦等四十八个海港，以及太仓、南通、张家港、江阴、扬州、常熟、常州、泰州、镇江、南京、芜湖、马鞍山、九江、武汉、城陵矶等十五个河港。
台湾方面为十一个港口，包括：基隆（含台北）、高雄（含安平）、台中、花莲、麦寮、布袋（先采专案方式办理）等六个港口，以及金门料罗、水头、马祖福澳、白沙、澎湖马公等五个“小三通”港口。
双方同意视情增加开放港口。
