1月

1日：台湾新兵役制度正式实施，包括兵役役期缩短为1年4个月；年满19岁役男可提早1年入营服役等。

即日起，全台10个空军警卫营依据台军“精进案”第二阶段规划，陆续移编宪兵部队，改编为10个宪兵营。

3日：“三项重大军购案”在“立法院程序委员会”第44度遭到搁置。

“立法院”三读通过“陆海空军服制条例”，原“陆军服制条例”、“海军服制条例”、“空军服制条例”同时废止。

有台军人士向媒体爆料，由于台军新兵役制度实施，提前退伍的士兵高达2万人，而志愿役士兵多数还在训练期，台军部分部队已出现勤务难调配情况，致使军官得去站岗放哨。

4日：“国防部副部长”蔡明宪由主持中正预校校长任职交接典礼，原任校长洪廷举少将，调任“国防部参谋本部”人事次长室助理次长，新任校长由“国防部”人力司军事教育处处长夏玉人少将接任。

政战学校“国防语文中心”举行移编编成典礼，改隶“国防部参谋本部”，此举表明台军对外语人才培育的重视。

5日：台湾军方权威管道透露，台军之所以决定在南海太平岛建机场跑道，主要是基于战略考虑，以因应将来国际间有关南海谈判。为此，“国防部”还在南海海域规划两个潜舰“伏击区”，以备用兵不时之需。

6日：政治作战学校举行建校54周校庆，一名该校校友突然冲下观礼台，企图去抢台军“政战局长”胡镇埔的帽子，但被在场安全人员阻止并架走。该名自称吴觉民的男子被带走时，还不断高声呼喊：“可耻政党！全民刺扁！”

11日：台军澎防部用于兵棋推演的手提电脑失窃。

12日：“立法院”审查2006年度“中央政府总预算”，台军“三项重大军购案预算”配合款112.3亿元新台币全数遭到删除。

“国防部政治作战局”文宣政教处副处长闻振国上校在“立法院”表示，现行台军各官校校歌有许多地方不合时宜，“国防部”已经要求各官校与军种，针对不合时宜的军歌做一些修订。

13日：陈水扁在接见亚太议联（APPU）日本国会议员访问团时表示，美日安保对话将台海纳入“安保”范围，是美日台三方共同利益所在，台湾与日本虽无正式“外交”关系，但双方可透过建立准军事同盟，进一步提升台日实质关系。

14日：岛内媒体报道，台军计划在2010年前淘汰服役超过30年的美制F5E战机，而据“国防部”人士指出，根据美方建议，台已在2005年10月的“台美空军会议”上提出斥资600亿元新台币购买44架F16C/DBlock52战机。

15日：“空军通信航管信息联队”举行成立59周年队庆活动。

16日：“宪兵司令部”在忠贞营区举行74周年庆。

19日：“国防部”在“2006年春节媒体军事记者联谊餐会”前，特别举行大陆军力情资说明会，首度公布20幅大陆卫星侦照图，说明大陆陆军二炮部队、空军重要基地、海军主要舰队基地以及各大军区所设置的“战术训练基地”，希望民众支持“军购案”。

20日：“立法院”三读通过“陆海空军服制条例”修正案，将过去未纳入规定的宪兵、海军陆战队制服一并纳入规定，建立台军统一完整的三军服制体系。

23日：“国安会副秘书长”柯承亨转任“国防部副部长”，“国安局副局长”王进旺转任“海巡署长”。

24日：台军自行研制、自行测试的第一套“Ｔ９１步枪射击训练辅助仿真系统”在陆军步兵学校正式启用。

台空军第四○一联队士官长李明儒一家4人，因债务问题在军中宿舍打开煤气自杀而被送往医院急救。

25日：为强化基层心辅工作，防杜意外事件，“金防部心卫中心”举办心理卫生专题讲座。

2月

2日：“全民国防教育法”正式施行，“国防部”订定“推动全民国防教育杰出贡献奖励办法”，并自“全民国防教育法”施行之日起施行。

3日：为配合即将于2006年2月起实施的“全民国防教育法”，台“教育部”公布中、小学“全民国防教育”课程纲要草案，纲要核心内容包括“国防军事”、“全民防卫”、“国防相关事务”三大主轴。

为便利台军使用高速公路战备跑道作业顺遂与安全，“国防部”修颁“台军使用高速公路战备跑道作业程序”，以作为相关单位作业的依据。依据作业程序的规定，未来台军可使用的路段包括花坛、民雄、麻豆、仁德及佳冬等五段战备跑道。

台军方证实，防卫部门反情报工作总队少校副组长陈明阳与其情人张秀美，1日晚上在屏东市的租屋内烧炭自杀，陈明阳死亡，张秀美重度昏迷。

6日：“国防部”高层透露，“汉光22号”演习已规划加入美军“驰援”两岸发生战事的兵棋推演军事想定。

欧复兴中将接任政战学校校长。欧复兴，中将，政战学校十六期、陆军指参学院1983年班毕业，历任台陆军第十军团政战主任、“金防部政战主任”、“中科院政战主任”等职。

7日：台军“军事新闻网”报导，台军“专业志愿士兵暨储备士官”今年将首度招收100名女兵。

蒋金城少将接任联勤政战主任。

同日：为让民众更了解台军战备需求，“国防部”首度对外公开“联合作战演训中心”计算机兵棋系统（JTLS）。

同日：“国防部”公开多项建军规划与战备需求简报。根据“国防部”整合评估室分析，预判大陆至2010年，将可部署战术与战略导弹逾1800枚。

8日：一架隶属台军花莲空军基地401联队的F16战斗机因燃油外泄迫降清泉岗基地。

同日：澎湖县传出因为台军士兵煮面不合上司口味而被关禁闭的事件。

10日：台湾军方宣布新一波人事调整，陆海空三军（总）司令及（总）政战局长、高阶政战主管同时异动。朱凯生、陈邦治、刘贵立三位陆海空军“司令”调任“总统府”战略顾问，新任陆海空军“司令”分别由“政治作战局局长”胡镇埔上将、“副参谋总长”林镇夷上将、“空军副司令”沈国祯中将升任，沈国祯并晋升空军二级上将。此外，新任“政战局长”由“金防部司令”吴达澎中将升任，并晋升陆军二级上将；“国防部参谋本部陆军副参谋总长”职缺由“陆军司令部副司令”赵世璋中将接任，并晋升陆军二级上将……新人事自2月16日生效。

同日：“国防部”订颁“国军人员性骚扰处理实施规定”，延续过去既有的“国军人员两性营规管理规范暨惩处原则”，订定出具体作法、惩处规定，防止“性骚扰”事件发生。

11日：美国在台协会宣布，职业外交官杨苏棣将于3月份出任其台北办事处新任处长，接替已经去职的包道格。

13日：国民党主席马英九在访问欧盟时表示，若2008年国民党执政，将与大陆协商两岸和平协议的架构，进而与大陆建立军事互信机制，形成两岸共同市场，并讨论台湾争取国际空间的问题。

14日： 李杰主持“国防大学”原任校长费鸿波上将、新任校长曾金陵上将交接暨授勋典礼。

15日：陈水扁在“总统府”亲自主持“空军司令部司令”沈国祯、“联合后勤司令部司令”季麟连、“政治作战局局长”吴达澎、“参谋本部陆军副参谋总长”赵世璋、“参谋本部海军副参谋总长”王立申等5位晋升二级上将的授阶仪式。

20日：“参谋总长”李天羽一级上将代表“国防部长”李杰，颁赠二等云麾大绶勋章给萨尔瓦多参谋总长卡塞雷斯中将，表彰他对促进“中萨两国”传统军谊的卓越贡献。

同日：东森新闻报道，“汉光22号”演习计算机兵棋推演，是以北京2008年后举兵攻台为假设。同时，此次演习重点置于解放军“占台”而非往年的“攻台”；整个战场也遍及台湾本岛，非仅局限于台海作战。

21日：“国防部”公布台军2006年度部队训练流程规划，称今年将由各作战区（防卫部）整合运用责任区内三军部队，采取“全面、全装、实兵、实作”方式实施演练。

同日：“三项重大军购案”及监察院人事同意权行使案等，在“立法院程序委员会”再次遭泛蓝封杀。

22日：美国会军队、交通暨国土安全委员会众议员罗伯席门斯前往台北市政府拜会市长马英九，交换两岸、军购等意见。

25日：“宪兵司令”沈世籍中将主持宪兵学校70周年庆。